Telltale Games je završio drugu sezonu Batman: Neprijateljski unutra. Bez obzira kako sezona završi, to je eksplozivan, instinktivan, krvav kraj i za Batmana i za Jokera. Kratki pregled događaja za one koji nisu pratili igru ​​tijekom cijele sezone mogu pronaći kratak rezime objašnjenja završetaka za Batman: Neprijateljski unutra ovdje.

Sezona počinje Riddlerom koji terorizira određene pojedince unutar kriminalnog podzemlja Gothama. Batman se upliće i uspijeva pokoriti Riddlera nakon što je Riddler ubio Luciusa Foxa. Riddler je ubijen odmah nakon što ga je Batman spriječio da ciljano lansira rakete na Gotham. Iako postoji misterij oko toga tko je ubio Riddlera, kasnije se otkriva da je Luciusova kći, Tiffany, upotrijebila jedan od svojih dronova s ​​otrovnom strijelom da ubije Riddlera kako bi mu se osvetila za ubojstvo njezina oca.

Na stranu, ovisno o tome kako se Bruce odnosi prema Tiffany, ovisi hoće li se ona na kraju pridružiti Amandi Waller kao agentici ili će se pridružiti Batmanu kao pomoćnica.

Tijekom cijele sezone Batman mora žonglirati između toga da bude Mračni vitez i Bruce Wayne, od kojih je Amanda Waller iz Agencije prisiljena na tajni zadatak kao kriminalac u skupini poznatoj kao The Pact, koju čine Harley Quinn, Mr. Freeze i Bane. Waller koristi identitet Batmana/Brucea Waynea kako bi ga natjerala da radi za nju.

Pakt pojačava svoj teror nad Gothamom nakon što je Riddler ubijen jer se ispostavilo da se Harley Quinn želi dočepati seruma za virus koji se može koristiti za sprječavanje podlijeganja mentalnoj bolesti poput njezina oca. Samo je Riddler imao pristup serumu, ali s njegovom smrću Harley nema sreće.

Bruce ostaje na tajnom zadatku s Paktom kako bi iznutra poremetio njihove planove. Radi s drugim članom Pakta, Johnom Doeom, kojeg je prvotno upoznao u Arkham Asylum tijekom prve sezone.

John je mentalno nestabilan, ali zavolio je Brucea nakon što su si njih dvojica pomogli tijekom pobune u Arkham Asylum. Ovisno o tome je li Batman/Bruce dobar i vjeruje li Johnu, određuje kako će se razvijati.

Dok su Bruce i John dio Pakta, koji uključuje Harleyja, Banea i gospodina Freezea, John se zaljubljuje u Harley i čini sve što je potrebno da joj ugodi. Bori se da pomogne Bruceu dok istovremeno izvršava zadatke koje mu je Harley postavio.

Naposljetku se stvari počnu raspadati, a Pakt implodira jer ih Amanda Waller obračunava pomoću Agencije. Stvari kulminiraju između Harleya i Agencije kada se sukobe na mostu gdje Harley prijeti da će upotrijebiti smrtonosni virus na svima na mostu.

Ključni trenutak se događa kada i John i Bruce žele doći do Harleya, ali šačica Wallerovih agenata završi mrtva i John pita Brucea vjeruje li da nije hladnokrvno ubio agente. Ako Bruce vjeruje Johnu, njih dvojica se udružuju kako bi zaustavili Harleyja na mostu, ali Waller izda Johna i John na kraju skoči s mosta kako bi izbjegao smrt. Ako Bruce odluči ne vjerovati Johnu, tada John ide duboko i optužuje Brucea/Batmana da je izdao njegovo povjerenje i da ga koristi samo kao sredstvo da zaustavi Pakt. John će otići do mosta, ali umjesto da zaustave Harleya, dvojac radi zajedno kako bi digli most u zrak i zagrlili se u poljupcu prije nego što skoče s mosta.

Finale se odvija na dva drastično različita načina, ovisno o tome kako se Bruceov i Johnov odnos razvijao tijekom sezone. Ako se Bruce i John udruže kao osvetnici, John mijenja svoje ime u Joker. Waller na kraju postavi metu na obojicu, bojeći se da je John još uvijek prijetnja, što rezultira time da Batman i Joker rade zajedno kako bi srušili Wallerov improvizirani Odred samoubojica koji se sastoji od Banea, Harleya i Catwoman.

Batman je teško ranjen u tom okršaju kada Joker ode duboko koristeći eksploziv u pokušaju da ubije Wallera, uzrokujući urušavanje krova dok Batman pokušava spriječiti eksploziju bombi.

Catwoman završi pomažući Batmanu, koji je blizu smrti nakon što je proboden od pada. Joker zarobljava Waller tijekom kaosa na krovu i pokušava je prisiliti da prizna smrt Riddlera, a da ne zna da je Tiffany zapravo ubila Riddlera. Teško ranjeni Batman suočava se s Jokerom u tvornici Ace Chemicals, gdje Batman uspijeva spasiti Wallera i Tiffany tijekom obračuna s Jokerom. Nekoliko agenata pokušava pokoriti Jokera, ali on ih kasape noževima. Tijekom borbe, Joker koristi mnoge taktike i tehnike koje je naučio od Batmana tijekom njihovog zajedničkog treninga, što rezultira time da Batman podnese još veću štetu jer njih dvojica imaju posljednji, krvavi sukob koji uključuje noževe i batarange.

Na putu negativca, Joker i Harley udružuju se kako bi terorizirali Gotham. Harley i dalje želi serum, i odlučuje upotrijebiti virus kao način otkupnine za Gothamovu sigurnost u zamjenu za serum, ona također želi Batmana mrtvog. Joker zna da nema seruma i da je Bruce Wayne zapravo Batman, ali odlučuje prešutjeti tu informaciju od nje kako bi joj ostao blizu. Njih dvojica idu okolo i ubijaju - Harley s namjerom da dobije serum, a Joker to radi kako bi se osvetio Bruceu jer je izdao njihovo prijateljstvo.

Joker smišlja razrađeni plan kako bi mučio Brucea zbog njegove izdaje, uhvatio Jima Gordona i prisilio ga da namami Batmana u zamku. U zamjenu, Joker daje Gordonu kartu Gothama na kojoj se nalaze sve bombe koje sadrže virus. Međutim, Joker puca u Gordonova koljena tako da ne može prebrzo zaustaviti bombe. Joker skida Bruceu njegov Batman oklop, a zatim tjera Brucea da prođe kroz zabavnu kuću u kojoj su zarobljeni Selina, Tiffany i Alfred. Joker ih prisiljava da igraju igru ​​posvećenu povjerenju kako bi mogao kazniti Brucea jer ga je izdao.

Bruce i Selina uspijevaju uzvratiti Harleyu i Jokeru. Bruce i Joker bore se u cijeloj zabavnoj kući i Joker uspijeva ubosti Brucea nekoliko puta prije no što bude nokautiran. Bruce pokušava oživjeti Jokera nakon što je mislio da je ubio Jokera, samo da bi se Joker probudio i ubo Brucea u bok. Njih dvoje leže na tlu, gdje Bruce govori Jokeru da mu je slomio srce pretvarajući njihovo prijateljstvo u nešto ružno, ali Joker otkriva da bi, budući da ne bi mogli biti prijatelji, bili lijepi neprijatelji.

U zlikovskom završetku Joker se vidi u Arkham Asylum kako se igra s lutkom koju je napravio od Brucea, stavlja ruž na nju i razgovara sam sa sobom. U kraju Vigilantea Joker je viđen u Arkham Asylum, ali dobiva neočekivani posjet Brucea Waynea, koji mu izmami osmijeh na lice.

U oba kraja, Alfred odlučuje da mu je dosta Batmana i odlučuje otići. Bruce ima opciju ili odustati od Alfreda kako bi se mogao nastaviti boriti protiv kriminala kao Batman, ili odustati od Batmana kako bi Alfred ostao.