Microsoft, Creative Assembly i 343 Industries konačno su isporučili nastavak Halo Wars. S Halo Wars 2 za Xbox One i PC, igra nudi igračima mnoštvo odgovora u smislu što se dogodilo ekipi na kraju prve igre kada su izašli iz Shield Worlda, ali također ostavlja mnogo pitanja u smislu gdje su ide dalje i postavlja halo fanovi o tome što mogu očekivati Halo 6.

Halo Wars 2 počinje s Spirit of Fire posadom koja izlazi iz kriospa nakon 28 godina. Povučeni su kroz prolazni portal prema divovskoj svemirskoj strukturi poznatoj kao Kovčeg, kojom upravlja izopćenik Saveza po imenu Atriox. Posada Spirit of Fire zatekne se tehnički nadmašena i upucana od strane Brute Atrioxa, što postaje jasno nakon što pošalju mali spartanski tim da istraži površinu Arke gdje Atriox osobno napada Spartance, ranjavajući ih pritom. .

Unatoč tome što su ih svladale Atrioxove snage, Spartanci uspijevaju pobjeći iz bunkera nakon što su vratili AI po imenu Isabel, koja im objašnjava da je Atriox žestoki ratnik koji je prošao kroz bezbrojne bitke. On i njegovi ljudi izvorno su trebali biti potrošni materijal pod zapovjedništvom Saveza, ali umjesto toga Atriox se pobunio i regrutirao plaćenike, kriminalce i druge razočarane snage Saveza da mu se pridruže, postali su poznati kao Protjerani. Planira upotrijebiti Kovčeg ne samo za uklanjanje ljudi, već i za uništavanje ostataka snaga Saveza.

Kapetana Jamesa Cuttera iz Spirit of Fire Isabel upozorava da njegov nosač i posada nisu dorasli Atrioxu i njegovoj vojsci, ali Cutter odlučuje upotrijebiti taktiku udari i bježi protiv Atrioxovog drugog zapovjednika, Decimusa, čime ih na kraju oslabi uz male okršaje. Naposljetku su uspjeli izvaditi kontrole za mehanizme međusistemskog portala Kovčega dok su također porazili Decimusa i njegove trupe. Atriox je koristio portale da brzo pošalje svoje trupe oko Kovčega, a bez njega njegove snage više ne mogu brzo doći do kopnenih snaga Duha vatre.

Atriox uzvraća slanjem nosača da napadne Spirit of Fire, uništavajući pritom njihove sustave oružja. Dok Cutter i ostatak posade još uvijek ne znaju točno što smjera, kuju plan da se Isabel i spartanski tim infiltriraju u nosač. Ali prvo planiraju uništiti operativnu bazu Protjeranih ispod nosača, a zatim upotrijebiti Isabel da preuzme zapovjedništvo nad nosačem nakon što ju je ukrcao vođa Crvenog tima, Spartanac Jerome.

Plan je uspješan, a Cutterove snage uspijevaju se probiti kroz predstražu Protjeranih, osiguravajući teleporter u nosač gdje Jerome dopušta Isabel da preuzme zapovjedništvo nad oružanim sustavima nosača. Ona koristi nosač Banisheda da napadne staru postaju Forerunner na Kovčegu. Plan funkcionira i Stražari Forerunner izlaze iz Kovčega kako bi napali nosač. Isabel tjera Sentinele da presjeku brod, dijeleći ga na pola dok Spartanac Jerome i Isabel bježe.

Ovaj potez razbjesni Atrioxa, koji mu brzo skrene pozornost na Halo prsten koji su Isabel i profesor Anders izvukli iz Kovčega, čineći to u nadi da će ga iskoristiti za teleportaciju natrag u UNSC svemir.

Atriox, međutim, planira koristiti Halo prsten kao oružje; Cutter planira koristiti Halo kao način da upozori ostatak UNSC-a na Atriox. Slijedi bitka za kontrolu nad Haloom, a Spartanci Alice, Jerome i Douglas pomažu predvoditi juriš da zauzme kontrolnu sobu pod svaku cijenu.

Dok slijedi velika tučnjava, profesorica Anders je otpraćena u kontrolnu sobu Halo ringa gdje uspijeva otvoriti crvotočinu, ali nema vremena napustiti ring, te završava teleportirajući se s prstenom u dometu UNSC-a snage. Prije nego što se Halo prsten teleportira, Anders obećava da će se vratiti po Duha vatre i ostatak posade.

Kapetan Cutter, Red Team i ostatak Spirit of Fire planiraju izdržati još nekoliko tjedana dok čekaju da se Anders i dodatna pomoć vrate. U međuvremenu Atriox je ljut što su Isabel i Anders uspjeli ukrasti Halo prsten iz Kovčega, te okuplja svoju golemu vojsku za napad. Igra nestaje kako se odjavljuju špice.

U odjavnoj sceni vidi se kako profesor Anders izlazi iz kontrolne sobe Haloa i hoda kroz šumu po površini Haloa, samo da bi vidio jednog od masivnih Čuvara na nebu koje je Cortana oslobodila na kraju Halo 5: čuvari.